El problema radica en que el plugin de SyntaxHighlighter requiere que el HTML tenga codificadas sus entidades HTML como “<” y “>” a “&lt;” y “&gt;”, pero no es posible agregar esa funcionalidad mediante configuración al FCKEditor (Al menos en mi versión actual, simplemente no vi como), solo entrando al código de .net.

El problema:

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Al guardar los datos y visualizarlos en el HTML el resultado es pésimo, todos los textos dentro de los símbolos mayor y menor que se convierten en mayúscula y eso evita un copiar y pegar amigable. Afecta mucho al código donde se implementa C# con Generics y a plantillas T4

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Solución

(No es la mejor, pero no es obstructiva)

Por el momento, para salir del apuro, existen muchas herramientas en línea para transformar código a HTML:

Primero pega aquí el código que has copiado de Visual Studio:

http://centricle.com/tools/html-entities/

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Haz click en "Encode" y copia el código transformado.

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Pegalo en el FCKEditor mediante el botón de "Code".

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Listo, no debe haber mas problema.

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Para salir del problema rápido… pero existe una solución mas elegante, seguro que si.